diff --git a/inst/ShinyApp/server.R b/inst/ShinyApp/server.R
index e5c9dfdb0df8cc0b8d69474397a9649ba803436e..929fe89b994701ebf065fba6683b26835819086c 100644
--- a/inst/ShinyApp/server.R
+++ b/inst/ShinyApp/server.R
@@ -100,7 +100,7 @@ server <- function(input, output, session){
shinyjs::show("pop_growth_mat_expert")
shinyjs::show("pop_growth_run_expert")
}
- if(input$lambda_input_type == "Tendance locale ou régionale"){
+ if(input$lambda_input_type == "Tendance locale ou régionale"){
shinyjs::show("pop_trend")
shinyjs::show("pop_trend_strength")
}
@@ -225,7 +225,7 @@ server <- function(input, output, session){
param$onset_time = NULL
param$fatalities_se <- c(0, round(param$fatalities_eli_result$SE))
} else {
- print("#Intégrer un message d'erreur")
+ print("#Intégrer un message d'erreur")
}
} else {
param$fatalities_mean <- c(0, input$fatalities_mean)
@@ -249,7 +249,7 @@ server <- function(input, output, session){
param$pop_size_mean <- round(param$pop_size_eli_result$mean)
param$pop_size_se <- round(param$pop_size_eli_result$SE)
} else {
- print("#intégrer un message d'erreur")
+ print("#intégrer un message d'erreur")
}
} else {
param$pop_size_mean <- input$pop_size_mean
@@ -267,9 +267,9 @@ server <- function(input, output, session){
param$pop_growth_mean <- round(min(1 + param$rMAX_species, round(param$pop_growth_eli_result$mean, 2)), 2)
param$pop_growth_se <- round(param$pop_growth_eli_result$SE, 2)
} else {
- print("#intégrer un message d'erreur")
+ print("#intégrer un message d'erreur")
}
- } else if(input$lambda_input_type == "Tendance locale ou régionale"){
+ } else if(input$lambda_input_type == "Tendance locale ou régionale"){
if(input$pop_trend == "Croissance") {
if(input$pop_trend_strength == "Faible") {
param$pop_growth_mean <- 1.01
@@ -278,7 +278,7 @@ server <- function(input, output, session){
} else {
param$pop_growth_mean <- 1.06
}
- } else if(input$pop_trend == "Déclin"){
+ } else if(input$pop_trend == "Déclin"){
if(input$pop_trend_strength == "Faible") {
param$pop_growth_mean <- 0.99
} else if(input$pop_trend_strength == "Moyen"){
@@ -335,7 +335,7 @@ server <- function(input, output, session){
if(!(is.null(param$carrying_cap_eli_result))){
param$carrying_capacity <- round(param$carrying_cap_eli_result$mean)
} else {
- print("#intégrer un message d'erreur")
+ print("#intégrer un message d'erreur")
}
} else {
param$carrying_capacity <- input$carrying_capacity
@@ -420,7 +420,7 @@ server <- function(input, output, session){
else {
info <- input$fatalities_mean
}
- paste0("Moyenne des mortalités : ", info)
+ paste0("Moyenne des mortalités : ", info)
})
output$fatalities_se_info <- renderText({
@@ -432,7 +432,7 @@ server <- function(input, output, session){
else {
info <- input$fatalities_se
}
- paste0("Ecart-type des mortalités : ", info)
+ paste0("Ecart-type des mortalités : ", info)
})
## Poplutation size
@@ -480,7 +480,7 @@ server <- function(input, output, session){
else {
info <- input$carrying_capacity
}
- paste0("Capacité de charge du milieu : ", info)
+ paste0("Capacité de charge du milieu : ", info)
})
## Population growth
@@ -492,7 +492,7 @@ server <- function(input, output, session){
if(!(is.null(param$pop_growth_eli_result))){
info <- round(param$pop_growth_eli_result$mean, 2)
} else {info <- NA}
- } else if(input$lambda_input_type == "Tendance locale ou régionale"){
+ } else if(input$lambda_input_type == "Tendance locale ou régionale"){
if(input$pop_trend == "Croissance") {
if(input$pop_trend_strength == "Faible") {
info <- 1.01
@@ -501,7 +501,7 @@ server <- function(input, output, session){
} else {
info <- 1.06
}
- } else if(input$pop_trend == "Déclin"){
+ } else if(input$pop_trend == "Déclin"){
if(input$pop_trend_strength == "Faible") {
info <- 0.99
} else if(input$pop_trend_strength == "Moyen"){
@@ -523,7 +523,7 @@ server <- function(input, output, session){
if(!(is.null(param$pop_growth_eli_result))){
info <- round(param$pop_growth_eli_result$SE, 2)
} else {info <- NA}
- } else if (input$lambda_input_type == "Tendance locale ou régionale") {
+ } else if (input$lambda_input_type == "Tendance locale ou régionale") {
info <- 0.03
}
else {
@@ -547,7 +547,7 @@ server <- function(input, output, session){
observeEvent({input$farm_number_cumulated}, {
rows_names <- function(n){
- v <- c(paste0("Parc n°", c(1:n)))
+ v <- c(paste0("Parc n°", c(1:n)))
return(v)
}
@@ -560,9 +560,9 @@ server <- function(input, output, session){
updateMatrixInput(session, inputId = "fatalities_mat_cumulated",
value = matrix("", nrow = nrow, 3,
dimnames = list(number_parks,
- c("Moyennes des mortalités annuelles",
- "Ecart-type des mortalités annuelles",
- "Année de mise en service du parc"))))
+ c("Moyennes des mortalités annuelles",
+ "Ecart-type des mortalités annuelles",
+ "Année de mise en service du parc"))))
})
# Survivals and Fecundities
@@ -575,7 +575,7 @@ server <- function(input, output, session){
}
observeEvent({input$species_list}, {
- if(input$species_list == "Espèce") {} else {
+ if(input$species_list == "Espèce") {} else {
tab_species <- create.matrice(input$species_list)
if(all(is.na(tab_species))) {
@@ -583,7 +583,7 @@ server <- function(input, output, session){
value = matrix(data = "",
nrow = 4,
ncol = 2,
- dimnames = list(c("Juv 1", "Juv 2", "Juv 3", "Adulte"), c("Survie", "Fécondité"))))
+ dimnames = list(c("Juv 1", "Juv 2", "Juv 3", "Adulte"), c("Survie", "Fécondité"))))
} else {
number_age_class <- nrow(tab_species)
@@ -595,7 +595,7 @@ server <- function(input, output, session){
value = matrix(data = c(survivals, fecundities),
nrow = number_age_class,
ncol = 2,
- dimnames = list(ages, c("Survie", "Fécondité"))))
+ dimnames = list(ages, c("Survie", "Fécondité"))))
}
}
})
diff --git a/inst/ShinyApp/survivals_fecundities_species.csv b/inst/ShinyApp/survivals_fecundities_species.csv
index 1fffbb75d1320277bc29bcbefb8ec05f1ee1b3e6..b2bce0a2b10a784ed2371f9fb4b884f51b01bd0c 100644
--- a/inst/ShinyApp/survivals_fecundities_species.csv
+++ b/inst/ShinyApp/survivals_fecundities_species.csv
@@ -1,10 +1,10 @@
-Nom_espece;classes_age;survie;fecondite
-Aigle botté;Juv 1;0.5;0
-Aigle botté;Juv 2;0.7;0
-Aigle botté;Juv 3;0.8;0.05
-Aigle botté;Adulte;0.95;0.55
-Aigle de Bonelli;Juv 1;0.4;0
-Aigle de Bonelli;Juv 2;0.55;0
-Aigle de Bonelli;Juv 3;0.6;0.05
-Aigle de Bonelli;Juv 4;0.65;0.3
-Aigle de Bonelli;Adulte;0.8;0.4
+Nom_espece,classes_age,survie,fecondite
+Aigle botté,Juv 1,0.5,0
+Aigle botté,Juv 2,0.7,0
+Aigle botté,Juv 3,0.8,0.05
+Aigle botté,Adulte,0.95,0.55
+Aigle de Bonelli,Juv 1,0.4,0
+Aigle de Bonelli,Juv 2,0.55,0
+Aigle de Bonelli,Juv 3,0.6,0.05
+Aigle de Bonelli,Juv 4,0.65,0.3
+Aigle de Bonelli,Adulte,0.8,0.4
\ No newline at end of file
diff --git a/inst/ShinyApp/ui.R b/inst/ShinyApp/ui.R
index 7e99f639fec08758c628540d83d3fc238b1637c7..b20338e5ef9e7b6e40dcacdb7b910983e33719a9 100644
--- a/inst/ShinyApp/ui.R
+++ b/inst/ShinyApp/ui.R
@@ -10,10 +10,15 @@ library(eolpop)
# source("./inst/ShinyApp/f_output.R")
source("./inst/ShinyApp/param_fixes.R")
+
species_data <- read.csv("./inst/ShinyApp/species_list.csv", sep = ",")
-species_list <- unique(as.character(species_data$NomEspece))
+head(species_data)
+
+# species_list <- unique(as.character(species_data$NomEspece))
+species_list <- species_data$NomEspece
-data_sf <- read.csv("./inst/ShinyApp/survivals_fecundities_species.csv", sep = ";", encoding = "UTF-8")
+data_sf <- read.csv("./inst/ShinyApp/survivals_fecundities_species.csv", sep = ",")#, encoding = "UTF-8")
+head(data_sf)
# Fixed parameters (for now)
@@ -42,17 +47,17 @@ rMAX_species
##--------------------------------------------
ui <- fluidPage(
useShinyjs(),
- titlePanel("eolpop : Impact demographique des éoliennes"),
+ titlePanel("eolpop : Impact demographique des éoliennes"),
# Creation of the first page (select species, analysis type choice)
wellPanel(
selectInput(inputId = "species_list",
- h4(strong("Sélection d'une espèce ou groupe d'espèces")),
+ h4(strong("Sélection d'une espèce ou groupe d'espèces")),
choices = species_list),
radioButtons(inputId = "analysis_choice",
- h4(strong("Sélectionner un type d'analyse")),
- choices = c("Impacts non cumulés" = "scenario", "Impacts cumulés" = "cumulated"))
+ h4(strong("Sélectionner un type d'analyse")),
+ choices = c("Impacts non cumulés" = "scenario", "Impacts cumulés" = "cumulated"))
), # End wellPanel
@@ -64,7 +69,7 @@ ui <- fluidPage(
fluidRow(
column(width = 4,
textOutput(outputId = "specie_name"),
- h4("Mortalités"),
+ h4("Mortalités"),
textOutput(outputId = "fatalities_mean_info"),
textOutput(outputId = "fatalities_se_info"),
h4("Taille de la population"),
@@ -73,7 +78,7 @@ ui <- fluidPage(
textOutput(outputId = "pop_size_se_info")),
fluidRow(
column(width = 4,
- h4("Capacité de charge"),
+ h4("Capacité de charge"),
textOutput(outputId = "carrying_capacity_info"),
h4("Tendance de la population"),
textOutput(outputId = "pop_trend_type_info"),
@@ -81,7 +86,7 @@ ui <- fluidPage(
textOutput(outputId = "pop_growth_se_info")),
fluidRow(
column(width = 4,
- h4("Paramètres démographiques"),
+ h4("Paramètres démographiques"),
tableOutput(outputId = "vital_rates_info"))
)
)
@@ -99,25 +104,25 @@ ui <- fluidPage(
##--------------------------------------------
actionButton(inputId = "button_fatalities",
- label = "Mortalités"),
+ label = "Mortalités"),
radioButtons(inputId = "fatal_constant",
- label = h4("Modélisation"),
- choices = c("Taux de mortalités (h) constant" = "h",
- "Nombre de mortalités (M) constant" = "M")),
+ label = h4("Modélisation"),
+ choices = c("Taux de mortalités (h) constant" = "h",
+ "Nombre de mortalités (M) constant" = "M")),
### Part for non-cumulated impacts
# Input type
radioButtons(inputId = "fatalities_input_type",
- label = h4("Source des données"),
+ label = h4("Source des données"),
choices = c("Valeurs", "Elicitation d'expert")),
# Values
numericInput(inputId = "fatalities_mean",
- label = "Moyenne des mortalités annuelles",
+ label = "Moyenne des mortalités annuelles",
value = 5,
min = 0, max = Inf, step = 0.5),
numericInput(inputId = "fatalities_se",
- label = "Ecart-type des mortalités annuelles",
+ label = "Ecart-type des mortalités annuelles",
value = 0.05,
min = 0, max = Inf, step = 0.1),
@@ -133,15 +138,15 @@ ui <- fluidPage(
### Part for cumulated impacts
numericInput(inputId = "farm_number_cumulated",
- label = "Nombre de parcs éoliens",
+ label = "Nombre de parcs éoliens",
value = 3, min = 2, max = Inf, step = 1),
matrixInput(inputId = "fatalities_mat_cumulated",
value = matrix(data_fatalities, 3, 3,
- dimnames = list(c(paste0("Parc n°", c(1:3))),
- c("Moyennes des mortalités annuelles",
- "Ecart-type des mortalités annuelles",
- "Année de mise en service du parc"))),
+ dimnames = list(c(paste0("Parc n°", c(1:3))),
+ c("Moyennes des mortalités annuelles",
+ "Ecart-type des mortalités annuelles",
+ "Année de mise en service du parc"))),
class = "numeric",
rows = list(names = TRUE),
cols = list(names = TRUE)),
@@ -156,7 +161,7 @@ ui <- fluidPage(
label = "Taille de la population"),
radioButtons(inputId = "pop_size_type",
- label = h4("Unité"),
+ label = h4("Unité"),
choices = c("Nombre de couple" = "Npair", "Effectif total" = "Ntotal")),
radioButtons(inputId = "pop_size_input_type",
@@ -191,14 +196,14 @@ ui <- fluidPage(
br(" "),
actionButton(inputId = "button_carrying_cap",
- label = "Capacité de charge"),
+ label = "Capacité de charge"),
radioButtons(inputId = "carrying_cap_input_type",
- label = h4("Type d'unité"),
+ label = h4("Type d'unité"),
choices = c("Valeurs", "Elicitation d'expert")),
numericInput(inputId = "carrying_capacity",
- label = "Capacité de charge",
+ label = "Capacité de charge",
value = 1000,
min = 0, max = Inf, step = 100),
@@ -220,7 +225,7 @@ ui <- fluidPage(
radioButtons(inputId = "lambda_input_type",
label = h4("Type de tendance"),
- choices = c("Taux de croissance", "Elicitation d'expert", "Tendance locale ou régionale")),
+ choices = c("Taux de croissance", "Elicitation d'expert", "Tendance locale ou régionale")),
numericInput(inputId = "pop_growth_mean",
label = "Moyenne de la croissance de la population",
@@ -244,7 +249,7 @@ ui <- fluidPage(
radioButtons(inputId = "pop_trend",
label = NULL,
- choices = c("Croissance", "Stable", "Déclin")),
+ choices = c("Croissance", "Stable", "Déclin")),
radioButtons(inputId = "pop_trend_strength",
label = NULL,
@@ -259,7 +264,7 @@ ui <- fluidPage(
br(" "),
actionButton(inputId = "button_vital_rates",
- label = "Paramètres démographiques"),
+ label = "Paramètres démographiques"),
radioButtons(inputId = "fill_type_vr",
label = "Type de saisie",
@@ -268,13 +273,13 @@ ui <- fluidPage(
# tableOutput(outputId = "mat_display_vr"),
matrixInput(inputId = "mat_display_vr",
- value = matrix("", 4, 2, dimnames = list(c("Juv 1", "Juv 2", "Juv 3", "Adulte"), c("Survie", "Fécondité"))),
+ value = matrix("", 4, 2, dimnames = list(c("Juv 1", "Juv 2", "Juv 3", "Adulte"), c("Survie", "Fécondité"))),
class = "numeric",
rows = list(names = TRUE),
cols = list(names = TRUE)),
matrixInput(inputId = "mat_fill_vr",
- value = matrix(data = data_vr, 4, 2, dimnames = list(c("Juv 1", "Juv 2", "Juv 3", "Adulte"), c("Survie", "Fécondité"))),
+ value = matrix(data = data_vr, 4, 2, dimnames = list(c("Juv 1", "Juv 2", "Juv 3", "Adulte"), c("Survie", "Fécondité"))),
class = "numeric",
rows = list(names = TRUE),
cols = list(names = TRUE))
@@ -298,41 +303,41 @@ ui <- fluidPage(
br(),
actionButton(inputId = "run", label = "Lancer l'analyse"),
hr(),
- h4("Graphique : Impact relatif de chaque scénario", align = "center"),
+ h4("Graphique : Impact relatif de chaque scénario", align = "center"),
plotOutput("graph_impact", width = "100%", height = "550px"),
hr(),
- h4("Graphique : Trajectoire démographique", align = "center"),
+ h4("Graphique : Trajectoire démographique", align = "center"),
plotOutput("graph_traj", width = "100%", height = "550px")),
- tabPanel(title = "Distribution paramètres",
+ tabPanel(title = "Distribution paramètres",
br(),
hr(),
- h4("#Graphe élicitation d'expert pour les mortalités", align = "center"),
+ h4("#Graphe élicitation d'expert pour les mortalités", align = "center"),
plotOutput(outputId = "fatalities_expert_plot"),
hr(),
- h4("#Graphe élicitation d'expert pour la taille de la population", align = "center"),
+ h4("#Graphe élicitation d'expert pour la taille de la population", align = "center"),
plotOutput(outputId = "pop_size_expert_plot"),
hr(),
- h4("#Graphe élicitation d'expert pour la capacité de charge", align = "center"),
+ h4("#Graphe élicitation d'expert pour la capacité de charge", align = "center"),
plotOutput(outputId = "carrying_cap_expert_plot"),
hr(),
- h4("#Graphe élicitation d'expert pour la tendance de la population", align = "center"),
+ h4("#Graphe élicitation d'expert pour la tendance de la population", align = "center"),
plotOutput(outputId = "pop_growth_expert_plot"),
),
tabPanel(title = "Rapport",
br(),
radioButtons(inputId = "lifestyle",
- h4("Mode de vie de l'espèce"),
- choices = c("Sédentaire", "Non-sédentaire nicheur", "Non-sédentaire hivernant", "Migrateur de passage")),
+ h4("Mode de vie de l'espèce"),
+ choices = c("Sédentaire", "Non-sédentaire nicheur", "Non-sédentaire hivernant", "Migrateur de passage")),
numericInput(inputId = "wind_turbines",
- h4("Nombre d'éoliennes"),
+ h4("Nombre d'éoliennes"),
value = 5, min = 0, max = Inf, step = 1),
numericInput(inputId = "farm_number",
h4("Nombre de parcs"),
value = 1, min = 0, max = Inf, step = 1),
numericInput(inputId = "wind_turbines_2",
- h4("Nombre d'éoliennes"),
+ h4("Nombre d'éoliennes"),
value = 1, min = 0, max = Inf, step = 1)
) # End tabPanel
diff --git a/run_shiny.R b/run_shiny.R
index 487b2c55228dfdb0298ab211a0353369b66efebf..c845766867efa66b8f352e178815bc0858c3096d 100644
--- a/run_shiny.R
+++ b/run_shiny.R
@@ -1,4 +1,4 @@
-source("C:/rdev/eolpop/inst/ShinyApp/ui.R")
-source("C:/rdev/eolpop/inst/ShinyApp/server.R")
-
-shinyApp(ui = ui, server = server)
+source("C:/rdev/eolpop/inst/ShinyApp/ui.R")
+source("C:/rdev/eolpop/inst/ShinyApp/server.R")
+
+shinyApp(ui = ui, server = server)